目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征。在一些有条件的大医院可做病毒分离，用免疫荧光检查病毒包涵体，电镜检查病毒颗粒，酶联免疫吸附试验或放射免疫测定检测病毒抗原。生殖器疱疹的实验室检查如下：
1.细胞学检查：从疱底或溃疡面刮取少量组织作涂片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可检出HSV感染具特征性的多核巨细胞内的嗜酸性包涵体，但不能区别HSV感染或水痘-带状疱疹病毒感染，敏感性仅为病毒分离的60%。
2.抗体检测法：常用蛋白印迹法，也可用gD2作抗原检测HSV-2抗体，具有敏感性高且能区分HSV-l和HSV-2的优点。
3.抗原检测法：如PCR检测皮损HSV的DNA，敏感性和特异性高，能大大提高生殖器溃疡患者中HSV确诊的能力，但费用昂贵，且受操作技术和实验室条件及设备的影响，容易出现假阳性，故用于临床诊断其准确性受影响。
